ساختار سازمان محیط زیست با تغییرات گستردهای همراه شد.
ساختار سازمان محیط زیست تغییر کرد. در ساختار جدید این سازمان معاونت محیط طبیعی امور مربوط به تالابها از معاونت طبیعی جدا شده و به معاونت محیط دریایی سپرده شد؛ دفتر شکار و صید نیز در دفتر حیاتوحش ادغام شد.
معاونت آموزش هم با تغییر تحولاتی همراه بوده است، مشارکتهای مردمی به پسوند آموزش افزوده شده و مرکز آموزش محیطزیست و تربیت محیط بان دفتر مشارکتهای مردمی و مسئولیتهای اجتماعی و مدیریت اقتصاد و فناوری محیطزیست جایگزین دفاتر آموزش محیط زیست دفتر پژوهش توسعه فناوریهای محیط زیست و دفتر توسعه پایدار و اقتصاد محیط زیست شدند.
در ساختار جدید دفتر مدیریت پسماند به عنوان یک دفتر جدید زیرمجموعه معاونت محیط زیست انسانی است.