علی مطهری در نامه‌ای به جت‌الاسلام رئیسی از اقدام اخیر وی برای ذستور در بازنگری برخی از پرونده های قضایی قدردانی کرد و خواستار ادامه این روند در مورد سایر پرونده های سیاسی و اجتماعی دیگر شد.
متن کامل نامه مطهری به شرح زیر می باشد
جناب حجت‌الاسلام آقای رئیسی
رئیس محترم قوه قضائیه
با اهداء سلام
دستور اخیرتان در خصوص بررسی احکام صادرشده برای متهمان کارگری، نور امید را در دل‌ها نسبت به صدور احکام عادلانه و عاقلانه و متناسب با جرم روشن کرد. خود بهتر می‌دانید که در بسیاری از موارد بدون توجه به میزان تأثیر جرم در جامعه و ضرورت مجازات، احکام سنگینی برای متهمان صادر می‌شود به طوری که جامعه قانع نمی‌شود و متهم یا مجرم در هاله‌ای از مظلومیت قرار می‌گیرد. این امر در متهمان سیاسی که متأسفانه آنها را متهمان امنیتی می‌نامند و در نتیجه مشمول قانون جرم سیاسی نمی‌شوند بیشتر قابل مشاهده است.
مثلاً شخصی در یک جمع ۲۰ نفری انتقادی به نظام یا توهین به مقامات عالی کشور می‌کند. بدون آنکه توجه شود که اساساً چند نفر شنیدند و چه تأثیری در جامعه داشته است، براساس مواد خشک قانونی مانند اجتماع و تبانی علیه امنیت ملی یا تشویش اذهان عمومی که مواد کشداری است و به راحتی می‌توان افراد را به آن متهم کرد او را محاکمه و به چندین سال زندان محکوم می‌کنند، در حالی که بسیاری از این موارد با یک تذکر یا چند کلمه نصیحت قابل مختومه شدن است.
مثال روشن آن قضیه قتل ستار بهشتی در بازداشتگاه نیروی انتظامی است. او کارگری بود که به خاطر فقر خود و مادرش در وبلاگ شخصی خود انتقاد و احیاناً توهین به مقامات عالی کشور می‌کرد. او را بازداشت کردند و در اثر ضربات وارده فوت کرد. بعداً پلیس فتا اعلام کرد که وبلاگ او فقط ۸ نفر بازدیدکننده در روز داشته است. قطعاً با یک تذکر و دلجویی و کمک مالی مشکل او حل می‌شد.
نمونه دیگرش همین مرگ دختر آبی است که با شمایل پسرانه وارد استادیوم آزادی و بازداشت شد و در اثر دادگاهی شدن خودسوزی کرد و فوت نمود، در حالی که فرضاً کار او غیرقانونی بوده، با چند کلمه نصیحت قابل فیصله دادن بود.
نمونه‌های دیگر، احکام سنگین برای منتقدان سیاسی مانند آقایان نوری‌زاد، عبدالفتاح سلطانی، تاجزاده و بهزاد نبوی است که همه می‌دانیم آن مجازات‌های سنگین تأثیری در تغییر روش آنها نداشته و فلسفه مجازات که عبرت گرفتن مجرم و دیگران است، تأمین نشده است.
علت صدور این احکام، نوع بینش برخی بازجوها و قضات درباره حفظ نظام است که خیال می‌کنند با این احکام سنگین دیگران را می‌ترسانند و در نتیجه نظام حفظ می‌شود و حتی خیال می‌کنند محفوظ ماندن نظام تا امروز به دلیل این سخت‌گیری آنهاست، در حالی که سخت در اشتباهند زیرا رفتار این افراد به نظام آسیب زده است و محفوظ ماندن نظام جمهوری اسلامی ریشه در ایمان اسلامی و اعتماد مردم دارد.
باید نگاه این افراد به مقوله حفظ نظام تغییر کند تا بدانند اولاً مقصود از حفظ نظام، نظام اسلامی است نه هر نظامی و ثانیاً برای حفظ نظام از هر وسیله‌ای نمی‌شود استفاده کرد.
اکنون که جناب‌عالی این اقدام عدالت‌خواهانه را آغاز کرده‌اید، ضمن تشکر، خوب است که به مسئولان مربوط توصیه فرمایید که اولاً احکام سنگین مخصوص اقدامات مسلحانه و کارهایی مانند جاسوسی و مواد مخدر است. ثانیاً انتقاد از نظام به معنی توهین نیست و مجازات ندارد. ثالثاً در تعیین حکم مجازات برای متهمان سیاسی به میزان تأثیر جرم در جامعه توجه کنند. در مواردی که تأثیر قابل توجهی در جامعه نداشته به تذکر اکتفا نمایند و رابعاً در این گونه موارد از بازجوها و قضاتی که عقلشان بر علمشان غلبه دارد استفاده شود.