برخی مشکلات به وجود آمده در اثر ازدحام مسافران و زوار در فرودگاه نجف و فقدان زیرساخت‌های مناسب در این فرودگاه، سبب شد تا تعدادی از پروازهای شب گذشته به تهران با تأخیر تا ۱۰ ساعت مواجه شود.
در دو روز پایانی زیارت اربعین حسینی (ع) و همزمان با آغاز موج بازگشت گسترده زائران، بسیاری از زوار اربعین از تأخیرهای به وجود آمده در پروازهای بازگشت از فرودگاه نجف گلایه مند هستند.
بر اساس گزارش‌های واصله بسیاری از مسافرانی که از فرودگاه نجف عازم تهران یا دیگر شهرهای میزبان پروازهای اربعین هستند، از تأخیرهای چند ساعته شکایت دارند. به گونه‌ای که برخی پروازها با بیش از ۸ ساعت تأخیر انجام شده است.
به عنوان مثال پرواز ۲۱:۳۰ قشم ایر شب گذشته با ۸ ساعت تأخیر، ۴:۳۰ بامداد امروز فرودگاه نجف را به مقصد فرودگاه امام خمینی (ره) ترک کرد.