مصرف شیر درحالی از سوی بسیاری صاحبنظران تغذیه توصیه می‌شود که در سالهای اخیر برخی اظهارنظرها بر مصرف آن تاثیر منفی بالایی گذاشته است.
اولین اظهار نظر درباره وجود پالم در شیر بود که واکنش‌های منفی بسیاری را برانگیخت. هرچند کمی بعد بسیاری برندها وجود بیش از اندازه روغن پالم در شیرهای تولیدی‌شان را تکذیب کردند اما برخی مصرف‌کنندگان به‌دلیل همین خبر، شیر را از مصرف روزانه خود حذف کردند.
حالا نوبت به دومین خبر بحث برانگیز رسیده است: وجود سمی به نام "آفلاتوکسین" در شیر که در جریان یک کنفرانس علمی مطرح شده و رسانه‌ها به آن پرداخته‌اند.
این بار هم وزارت بهداشت وارد میدان شده و شایعات درباره وجود این سم به میزانی بیش از استاندارد در شیر را رد کرده، اما برخی متخصصین حرفی دیگر می‌زنند.
سم آفلاتوکسین اگر بیش از حد نرمال باشد، موجب سرطان کبد و برخی ناراحتی‌های کبد و کلیه می‌شود. افراد معمولا روزانه یک لیوان شیر در روز مصرف می‌کنند که در صورت وجود آفلاتوکسین خطر زیادی در کمین آنها نیست اما بیشترین خطر متوجه کودکان است.
پیش از این، درباره وجود این سم در پسته و ذرت‌های آلوده هم بحث‌های زیادی مطرح شده بود و به‌نظر می‌رسد اگر اعتماد مصرف‌کننده به مواد غذایی داخلی بازنگردد، بازار محصولات غذایی با مشکلات بسیاری روبرو خواهد شد.