بر اساس قوانین ثبت احوال و کشور در مواردی بعضی از افراد دارای هویت مجهول هستند و از خدمات هویتی در ایران بهره مند نخواهند بود.
در مواردی به دلیل مشکلات قانونی که برای فرد ایجاد می‌شود مانند ارتکاب برخی جرایم، امکان بهره مندی از خدمات هویتی از وی سلب می‌شود در چنین مواردی اگر شخص صاحب فرزند شود، امکان ارائه خدمات هویتی شامل تنظیم سند ثبت کل وقایع حیاتی و اختصاص شماره شناسه یکتای فردی برای فرزند وی وجود ندارد و این امر تا زمان رفع مشکل پدرفرزند به تاخیر می‌افتد.
بر اساس ماده ۴۵ قانون ثبت احوال در مواردی نیز به تابعیت ایرانی فرد شک و تردید وارد می‌شود که در این موارد نیز هرگونه ثبت خدمات هویتی همچون تنظیم سند منوط به رفع این شک و تردید است.
فرزندان مشمول قانون حمایت از کودکان و نوجوانان بی سرپرست و بد سر پرست به موجب ماده ۲۲ قانون حمایت از کودکان و نوجوانان بی سرپرست و بد سرپرست منجر به تنظیم سند ثبت کل وقایع و اختصاص شماره شناسه یکتای فردی و ایجاد رکورد تازه در پایگاه اطلاعات جمعیت کشور برای کودک یا نوجوان مشمول می‌شود.
همچنین فرزندان متولد شده در ایران از پدرانی که بر پایه ماده ۹۸۳ قانون مدنی در خواست کسب تابعیت ایرانی داشته و موفق به دریافت آن شده اند و فرزندان زیر ۱۸ سال حاصل از ازدواج زنان ایرانی با مرد خارجی به دلیل اینکه در زمان تولد فرزند، پدر عضو جمعیت مرجع نبوده است باید در محاسبه پوشانش و کامل بودن نظام ثبت مدنی و آمار‌های حیاتی کنار گذاشته شوند.
در سال ۹۷ حدود ۷ درصد از رویداد‌های تولد در میان جمعیتی که در شمارش جز جمعیت مرجع نیستند (پدر غیر ایرانی دارند) رخ داده و ۲ درصد نیز تولد حاصل از پدران ایرانی در خارج از ایران هستند.
همچنین دو هزار و ۹۳۶ سند ثبت شده در خارج از مهلت قانونی رخ داده و به دلایلی که از پیش بیان شده است از صدور شناسنامه، تخصیص شناسنامه ملی در زمان معین شده در قانون بازمانده بودند، این تعداد تنها ۳۳ درصد از موارد اعلام شده تحت عنوان ثبت با تاخیر رویداد ولادت بوده است. در این میان سهم ۵۴.۲ درصدی کودکان مشمول قانون حمایت از کودکان و نوجوانان بی سرپرست و بد سرپرست بسیار مورد توجه است.
پ