او موفق شد اجازات متعددی در اجتهاد، روایت و وکالت در امور شرعیه دریافت کند. آیات عظام شیخ آقابزرگ تهرانی، سید محمد حجت کوه‌کمری، سید صدرالدین صدر، محمد حسین کاشف الغطاء، سید محسن حکیم، سید ابوالقاسم خویی، شهاب‌الدین مرعشی نجفی، سید محمود شاهرودی و سید محمد حسین طباطبایی به او اجازه اجتهاد دادند.
بیشتر بخوانید:
او در عرصه سیاسی نیز فعال بود؛ ساواک در گزارشی گفته بود که در بررسی‌هایی که به عمل آمده معلوم شده آقای طباطبایی که می‌بایست تحت نظر ساواک باشد، بدون اجازه ساواک از تهران خارج شده. پس از عزیمت آقای خمینی به قم، بین این دو نفر در قم ملاقاتی انجام گرفته که عکس ملاقات نامبرده نیز به ضمیمه تقدیم می‌گردد.
قاضی طباطبایی در تبریز دارای قدرت زیادی بود، به گونه‌ای که ساواک نیز بارها این را در گزارش‌های خود آورده است: «اگر این شایعه درست باشد که آقای قاضی در هر روز بیش از دویست هزار تومان خرج نمازگزاران می‌کند که در ماه مَبلغ سرسام‌آوری خواهد شد، با کسی که این قدر تمکن مالی دارد، مخالفت کردن بی‌فایده است. حال اگر این شایعه درست نباشد و مردم به خاطر خود او به نمازش حاضر می‌شوند دیگر بدتر، چون این قدرت هیچ وقت شکسته نمی‌شود.»
پیوند و علاقه مرحوم قاضی با امام خمینی ناگسستنی شده بود. وی پس از درگذشت مصطفی خمینی گفته بود: اگر یکی یا همه فرزندانم درمی‌گذشتند این‌چنین ناراحت نبودم که از رحلت آیت الله مصطفی خمینی ناراحت شدم.
ایشان در بازگشت از نماز مغرب و عشا در شامگاه دهم آبان ۵۸ توسط گروه فرقان به شهادت رسید و اولین شهید محراب انقلاب لقب گرفت.
در بخشی از اسناد مربوط به بازجویی از قاتلان شهید قاضی طباطبایی که از سوی موسسه مطالعات و پژوهش‌های سیاسی در اختیار ما قرار گرفته است، درباره نحوه شناسایی و شهادت ایشان آمده است:
فردایش قرار شد که من در خیابان حدود 200 متر مانده به سرکوچه با مشهدی مصطفی بایستم و مهدی هم قاضی را از مسجد تعقیب کند با موتور سوزکی 125 و وقتی به خیابان شاهپور رسید از او سبقت گرفته و راهنمای طرف راست را بزند و آنوقت من از مصطفی جدا شده به سوی (سرپیچ) بروم. برنامه طبق معمول انجام شد و وجود یک فولکس (احتمالا سفید رنگ) که نمی‌دانم به چه علتی در سر کوچه متوقف شده بود توانست کمک بیشتری را بمن بکند و من درست در اول کوچه سه تیر به سمت سر قاضی نشانه رفتم و سپس با سرعت به آنطرف خیابان فرار کرده و با مهدی از محل دور شدیم. از پشت صدای شلیک چند تیر هم آمد که مشهدی مصطفی می‌گفت از سوی محافظ وی صورت گرفت.
