اولین بار بعد از پیروزی انقلاب، امام در حکمی به آیت‌الله خلخالی در تاریخ ۱۳۵۷/۱۲/۰۵، از وی می‌خواهد تا به تشکیل دادگاه‌های انقلاب بپردازد. در حکم امام خطاب به آیت‌الله خلخالی نوشته شده بود " به جنابعالی مأموریت داده می‌شود تا در دادگاهی که برای محاکمه متهمین و زندانیان تشکیل می‌شود، حضور به هم رسانده و پس از تمامیت مقدمات محاکمه، با موازین شرعیه حکم شرعی صادر کنید." لذا اولین شخصیتی که در جمهوری اسلامی مأموریت تشکیل دادگاه را از سوی امام پیدا کرد مرحوم خلخالی بود.
در دولت مهندس مهدی بازرگان نیز، اسدالله مبشری و احمد صدر حاج سیدجوادی وزارت دادگستری را برعهده داشتند. همچنین شخصی به نام محمدمهدی سجادیان برای مدت کمتر از یک سال (از فروردین تا اسفند ۵۸) ریاست دیوان عالی کشور را برعهده داشت. این افراد عالی‌ترین مقام‌های قضائی جمهوری اسلامی قبل از تدوین قانون اساسی بودند.
بیشتر بخوانید:
۲۰ اسفند تودیع و معارفه رئیس قوه قضائیه برگزار می‌شود
با سید ابراهیم رئیسی رئیس جدید قوه قضائیه بیشتر آشنا شوید
حجت‌الاسلام سید ابراهیم رئیسی رئیس قوه قضائیه شد / هشت توصیه رهبرانقلاب برای مدیریت بهتر دستگاه قضائی
پس از تشکیل مجلس خبرگان قانون اساسی، شورای عالی قضائی برای انجام مسئولیت‌های قوه قضائیه تشکیل شد. این شورا تمام امور قضائی، اجرایی و اداری که در قلمرو دستگاه قضائی قرار می‌گرفت را مدیریت و نظارت می‌کرد.
طبق اصل ۱۵۸ قانون اساسی، رئیس دیوان عالی کشور در رأس شورای عالی قضائی قرار می‌گرفت. دادستان کل کشور و سه نفر از قضات مجتهد و عادل به انتخاب قضات سراسر کشور نیز عضو این شورا بودند.
از چپ: آیت‌الله شهید بهشتی، آیت‌الله مؤمن، آیت‌الله ربانی املشی و آیت‌الله موسوی اردبیلی اعضای شورای عالی قضائی
امام خمینی در تاریخ ۵۸/۱۲/۴ در حکمی مرحوم شهید بهشتی را به ریاست دیوان عالی کشور منصوب کرد. امام راحل در حکم خود نوشتند، "نظر به اهمیت نقش قوۀ قضائیه در تأمین سعادت و سلامت جامعه و تمامیت نظام جمهوری اسلامی و ضرورت ایجاد تشکیلات نوین قضائی بر اساس تعالیم مقدس اسلام، به ریاست دیوانعالی کشور منصوب می‌شوید، تا با همکاری دادستان کل کشور، فقها، قضات، کارمندان شریف و صالح دادگستری و حقوقدانان دیگر به تهیه طرح و برنامه و ایجاد تشکیلات نوین به تدوین لوایح قضائی جدید جمهوری اسلامی ایران بپردازید. امیدوارم خداوند متعال شما را در انجام این امر خطیر یاری فرماید."
با این حکم شهید بهشتی اولین شخصیتی بود که براساس قانون اساسی، در رأس عالی‌ترین نهاد قضائی در جمهوری اسلامی منصوب می‌شد.
با شهادت شهید بهشتی در ۷ تیر سال ۶۰، امام خمینی در حکمی آیت‌الله سید عبدالکریم موسوی اردبیلی را که تا آن زمان دادستان کل کشور بود، به ریاست دیوان عالی کشور منصوب کرد.
امام در حکمی که یک روز بعد از شهادت آیت‌الله بهشتی صادر شد، نوشتند " امیدوارم همان گونه که قبلاً مقرر گردیده بود با همکاری دادستان کل کشور و کارمندان شریف و صالح دادگستری هرچه بیشتر در تهیه و طرح و برنامه و ایجاد تشکیلات نوین و تدوین لوایح جدید جمهوری اسلامی ایران براساس تعالیم مقدسه اسلام کوشش نمائید. خداوند شما را در این امر خطیر یاری فرماید."
اعضای شورای عالی قضائی تا سال ۶۸ که قانون اساسی مورد بازنگری قرار گرفت، علاوه بر شهید بهشتی و آیت‌الله موسوی اردبیلی، شامل این افراد بود: "محمدمهدی ربانی املشی، یوسف صانعی و سید محمد موسوی خوئینی‌ها (دادستان‌های کل کشور) و آیات شهید علی قدوسی، عبدالله جوادی آملی، مرتضی مقتدایی، محمد مؤمن، سید محمد موسوی بجنوردی، سید ابوالفضل میرمحمدی و سید محمدحسن مرعشی شوشتری فقهای انتخابی شورای عالی قضایی."
تصویری از اعضای شورای عالی قضائی کشور. از چپ: آیات مرتضی مقتدایی، موسوی اردبیلی، میرمحمدی، صانعی، حسن حبیبی (وزیر وقت دادگستری)، موسوی بجنوردی
بعد از رحلت امام و بازنگری قانون اساسی، شورای عالی قضائی جای خود را به قوه قضائیه داد و رئیس این قوه در رأس آن قرار گرفت.
براساس اصل یکصد و پنجاه و هفتم قانون اساسی، "به منظور انجام مسوولیت‌های قوه قضائیه در کلیه امور قضائی و اداری و اجرایی مقام رهبری یک نفر مجتهد عادل و آگاه به امور قضائی و مدیر و مدبر را برای مدت پنج سال به عنوان رئیس قوه قضائیه تعیین می‌نماید که عالی‌ترین مقام قوه قضائیه است."
آیت‌الله خامنه‌ای در تاریخ ۶۸/۵/۲۴ در حکمی آیت‌الله شیخ محمد یزدی را به ریاست قوه قضائیه منصوب کرد. وی عضو مجلس خبرگان رهبری بود و با حکم امام خمینی در سال ۶۷، به عضویت فقهای شورای نگهبان درآمده بود.
در حکم آیت‌الله یزدی نوشته شده بود " با توجّه به اصل یکصد و پنجاه و هفتم قانون اساسی و با معرفت و اعتقاد به شایستگی‌های علمی و عملی جنابعالی، مسئولیّت خطیر و حسّاس و افتخارآمیز ریاست قوّه‌ی قضائیّه را به جنابعالی تفویض می‌کنم. برای جنابعالی روشن است که قوّه‌ی قضائیّه نبض دستگاه اداری و وضعیّت عمومی کشور است. سلامت و استحکام، قاطعیّت و انصاف، دلسوزی و پشتکار و بالاخره آمادگی و انتظام این دستگاه نشان‌دهنده و مستلزم وجود سلامت و امنیّت و عدل و داد و حُسن جریان امور در کشور و در دستگاه‌های اجرایی آن است."
آیت‌الله محمد یزدی در کنار آیت‌الله هاشمی شاهرودی رؤسای پیشین قوه قضائیه
با اتمام مسئولیت آیت‌الله یزدی در قوه قضائیه، رهبر معظم انقلاب در حکمی به تاریخ ۷۸/۵/۲۳، آیت‌الله سید محمود هاشمی شاهرودی که از فقهای شورای نگهبان و شاگردان امام خمینی و مرحوم شهید صدر بود به ریاست قوه قضائیه برگزیدند.
در حکم آیت‌الله هاشمی شاهرودی آمده است " برای دستگاه قضائی مهم‌تر از همه‌چیز، اجرای عدالت و قانون است و نظام قضائی اسلام کارآمدترین وسیله‌ی تحقّق این هدف متعالی است. تقویت دانش قضائی و گزینش اشخاص صالح در مجموعه‌های قضائی و اداری، و برنامه‌ریزی دقیق همراه با نظارت مستمر بر اجزای این دستگاه بزرگ، و نیز حفظ عزّت و حرمت قضات، لوازم اصلی برای تحقّق آن مقصود به حساب می‌آیند."
آیات یزدی و هاشمی شاهرودی هردو فقهای شورای نگهبان بودند که به قوه قضائیه راه یافتند فلذا سومین رئیس دستگاه قضا نیز از میان فقهای شورای نگهیان انتخاب شد. آیت‌الله آملی لاریجانی فقیه شورای نگهبان و اعضای مجلس خبرگان رهبری در ادوار سوم، چهارم و پنجم است.
با انتصاب آیت‌الله آملی لاریجانی در مجمع تشخیص مصلحت نظام از سوی رهبر انقلاب و درخواست وی برای اتمام پیش از موعد مسئولیتش در قوه قضائیه، آیت‌الله خامنه‌ای روز گذشته، سید ابراهیم رئیسی را به جانشینی آملی لاریجانی برگزید.
بیشتر بخوانید:
۱۰ عملکرد شاخص ۱۰ سال مدیریت قضائی آملی‌لاریجانی
در روزهای گذشته برخی مطبوعات از وی با نام " فرزند دادگستری" یاد کرده بودند چراکه از خاستگاه قوه قضائیه به رأس این دستگاه راه پیدا کرده است. رئیسی اولین سمتش در قوه قضائیه اوایل انقلاب، با حکم شهید قدوسی دادستانی کرج بود.
دادستان تهران، رئیس سازمان بازرسی، معاون اول قوه قضائیه و… بخشی از مأموریت‌های گذشته وی در دستگاه قضائی می‌باشد.